La implementación del nuevo Sistema de Justicia Penal ha sido gradual, pues así lo determinó el Congreso del Estado mediante el decreto número 63 de fecha 10 de junio de 2014.
Desde el día 1º de mayo de 2015:
En el Tercer Partido Judicial del Estado con sede en el municipio de Pabellón de Arteaga, ha quedado incorporado el Sistema Procesal Penal Acusatorio, y ha entrado en vigencia el Código Nacional de Procedimientos Penales para todos los procesos penales que se instauren en ese partido judicial.
En el Quinto Partido Judicial del Estado, con sede en el municipio de Jesús María, se ha incorporado el Sistema Procesal Penal Acusatorio, y ha entrado en vigencia el Código Nacional de Procedimientos Penales respecto de los delitos de querella y patrimoniales no violentos señalados en el Código Penal para el Estado de Aguascalientes.
La implementación del Sistema Procesal Penal Acusatorio y la vigencia del Código Nacional de Procedimientos Penales en la totalidad del estado de Aguascalientes será el 27 de mayo de 2016, en estricto cumplimiento a lo ordenado por la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, en su transitorio segundo de la Reforma Penal de 2008.